Laboratorium kimia yang terdapat di kampus UIN Mahmud Yunus Batusangkar antara lain
1. Laboratorium kimia dasar
2. Laboratorium kimia analitik
3. Laboratorium kimia fisika
4. Laboratorium kimia organik
5. Lanoratorium kimia anorganik
6. Laboratorim biokimia
7. Laboratorium kimia instrumen